"Según datos preliminares, el cohete Protón, que despegó de Baikonur a las 1:25 pm (1025 GMT) tuvo una trayectoria equivocada", dijo una fuente de la agencia espacial rusa citada por Interfax.
"En consecuencia, el cohete no podía poner los satélites en la órbita prevista y se cayó con ellos en la atmósfera", agregó la fuente.
Una vez que se separó del cohete Protón, un cohete de la segunda etapa con los tres satélites a bordo se puso en órbita a unos 20 kilómetros por encima de la Tierra.
"Los expertos de balística han comprobado todo: la etapa superior del cohete con los satélites no se encuentra en la órbita principal, intermedia, ni de emergencia", dijo una fuente de RIA "Novosti".
Los tres satélites Glonass-M, con un peso 1,4 toneladas, completar una constelación de satélites puestos en marcha por Moscú.
Putin dijo en abril que Rusia planeaba equipar todos los vehículos nuevos vendidos en Rusia en 2012 con el nuevo sistema de navegación, desarrollado por el ejército ruso en la década de 1980.
Dijo que Moscú planeaba lanzar un total de siete nuevos satélites GLONASS que garantizaría la cobertura de todo el planeta, elevando a 27 o 28 el número de satélites operativos.
Rusia pasaría de 1700 millones de rublos en 2011, a dos mil millones en el 2010, dijo Putin.
Rokosmos, la agencia espacial rusa, dijo en 2008 que Venezuela y Cuba estaban interesados en la adopción del nuevo sistema.
El ministerio de defensa de Rusia confirmó la pérdida, pero insistió en que el accidente del domingo no afectará la puesta en marcha del nuevo sistema de posicionamiento.
"En este momento hay 26 satélites en la constelación Glonass, entre ellos dos satélites de emergencia. Esto permite una cobertura completa del territorio de la Federación de Rusia", dijo el ministerio en un comunicado.
"La capacidad de la industria espacial de Rusia nos permite reaccionar rápidamente a lo que ha pasado", dijo, y agregó que el sistema en cualquier caso será plenamente operativo el próximo año.